NGS實驗室(shì)設(shè)計之分(fēn)區設計(jì)
由(yóu)於NGS技術容易(yì)出現實(shí)驗室汙(wū)染,導致(zhì)檢測(cè)結果不準確(què)。因(yīn)此設計(jì)一個(gè)嚴格(gé)有序(xù),規(guī)範的NGS實驗(yàn)室是非(fēi)常(cháng)必要(yào)的,且各分區(qū)要(yào)設計分明,功能對(duì)應(yīng)。
1. 試劑準備區(qū)
本(běn)區(qū)域為(wéi)潔淨區(qū)域,用於試劑(jì)的(dí)配製(zhì),分裝(zhuāng)及少量儲藏等,需存(cún)放於此(cǐ)區域(yù)的(dí)試劑不可(kě)逆(nì)行由(yóu)後續處(chǔ)理(lǐ)樣(yàng)本(běn)的(dí)區(qū)域進(jìn)入。另(lìng)外,試(shì)劑(jì)盒(hé)中的(dí)陽性質控(kòng)品(pǐn)和對(duì)照品不應貯(zhù)存(cún)於(yú)此區域。
2. 樣本(běn)準備(bèi)區
本(běn)區域為半汙染區(qū),用(yòng)於核酸(suān)的(dí)提(tí)取(qǔ)及濃度測定(dìng)。在提取(qǔ)不同類型(xíng)的(dí)樣(yàng)本(běn)(新鮮(xiān)組織,FFPE,血液(yè)等(děng))核酸時(shí)應(yīng)避免(miǎn)樣本之間(jiān)的交叉(chā)汙染,建議在區域內(nèi)設(shè)置(zhì)不同樣本的獨(dú)立的超淨工(gōng)作(zuò)台。布局時應注意(yì)高速離(lí)心機(jī)運行時產生(shēng)的(dí)振(zhèn)動是否幹擾其(qí)它設備等細節。
3. 文庫製備(bèi)區
本(běn)區域為半汙(wū)染區,用於(yú)文(wén)庫(kù)的構建(jiàn)。NGS檢(jiǎn)測時常(cháng)見的(dí)文庫製(zhì)備方法有雜交(jiāo)捕獲(huò)法(fǎ)和擴增子法,兩(liǎng)種方(fāng)法均(jūn)包含(hán)通過(guò)PCR放大文庫產量的(dí)步(bù)驟,因此在文(wén)庫製備區(qū)構(gòu)建(jiàn)文(wén)庫(kù)時(shí),建議(yì)文庫(kù)擴(kuò)增產物(wù)傳遞至下(xià)一階段(duàn)區域(雜(zá)交(jiāo)捕(bǔ)獲(huò)區)進行(háng)純(chún)化及(jí)後(hòu)續(xù)操作。另外(wài),組織樣本進(jìn)行(háng)捕獲(huò)法建(jiàn)庫時需(xū)要先(xiān)對樣(yàng)本(běn)做(zuò)片段化(huà)處理(lǐ),因此操(cāo)作台麵(miàn)規劃時應區(qū)分片段(duàn)化區域和建(jiàn)庫(kù)區(qū)域。
4. 雜交(jiāo)捕獲區(qū)
本區域(yù)為(wéi)半(bàn)汙染區,用(yòng)於文(wén)庫擴增後(hòu)的(dí)純化(huà),以(yǐ)及(jí)後續的二(èr)次擴增或(huò)捕獲富(fù)集(jí)等步驟。嚴防(fáng)此區域(yù)擴增產物及氣溶(róng)膠(jiāo)等(děng)對其它(tā)區(qū)域(yù)的汙染,盡(jìn)量(liáng)減(jiǎn)少人(rén)員在該區(qū)域與(yǔ)其它(tā)區域(yù)之(zhī)間反(fǎn)復頻(pín)繁(fán)流動(dòng),同時該區(qū)域的(dí)實驗(yàn)物品,實(shí)驗服等盡量(liáng)避免外帶。
5. 文庫擴(kuò)增(zēng)區(qū)
本區域(yù)為半汙(wū)染區,對(duì)雜交捕(bǔ)獲(huò)產物進行PCR擴增富集,同(tóng)時對上(shàng)機測(cè)序(xù)前的文(wén)庫進行(háng)質(zhì)控(kòng),並且完成(chéng)文庫上機(jī)前文(wén)庫*終的(dí)稀釋和(hé)混樣。
6. 測(cè)序分(fēn)析區
本區(qū)域(yù)為(wéi)半(bàn)汙染(rǎn)區,用於文庫的上機測(cè)序。此區域(yù)應(yīng)配(pèi)備(bèi)穩定的供電(diàn)設(shè)施(shī)及備用電源,並(bìng)配(pèi)備(bèi)獨立(lì)的(dí)製(zhì)冷設施保(bǎo)證測(cè)序(xù)儀在相(xiāng)對恒定的溫(wēn)濕(shī)度環境(jìng)下(xià)工(gōng)作;還需(xū)開設適(shì)宜麵(miàn)積的機房(fáng)用(yòng)於(yú)放置服(fú)務器等,所配(pèi)備的網關設備應兼具(jù)穩(wěn)定(dìng)性和(hé)安全性(xìng),確(què)保(bǎo)數(shù)據有效,安全(quán)傳(chuán)輸。
7. 電(diàn)泳(yǒng)區
本(běn)區域為半(bàn)汙(wū)染區,用於核(hé)酸樣(yàng)本(běn)質量(liáng)和(hé)文庫片段的分析。
總之,一(yī)個規範的(dí)NGS檢(jiǎn)測實(shí)驗室是獲得準確檢測結果的重(zhòng)要(yào)保障,在實驗(yàn)室(shì)運行過程(chéng)中(zhōng)要始終(zhōng)堅(jiān)持“工(gōng)作有(yǒu)序,互(hù)不(bù)幹擾(rǎo),防(fáng)止汙染(rǎn),報(bào)告(gào)及(jí)時”的基本(běn)準(zhǔn)則(zé)。
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